- 2012年云南青年五四奖章提名奖—李德飞2012.05.07
- 我院三名团员、四名团干部和两个团委荣获中央国家机关“两优一红”表彰机关2011.10.09
- 关于表彰2009-2010年度中国科学院优秀共青团员、优秀共青团干部和五四红旗团委（团支部）的决定2011.06.14
- 中科院表彰一批优秀共青团员和团组织2011.05.09
- 第十三届中国青年五四奖章—丁赤飚、李晓东、王建立、宋云涛2009.05.08
- 中科院喜获中央国家机关先进青年个人集体多项称号（2008）2008.12.25
- 院团委获得两项“全团调研信息奖”（2008）2008.09.22
- 寒旱所、兰化所青年集体分获“甘肃省青年文明号”和“甘肃省青年创新创效先进集体”荣誉称号（2007）2007.06.27
- 第十一届“中国青年五四奖章”标兵—相里斌2007.05.03
- 中央国家机关十大杰出青年（2007）—胥伟华2007.04.19
- 五四红旗团委标兵（2007）—中科院团委2007.01.05
- 第十七届中国十大杰出青年—孙凝晖2006.12.11
- 2006年度中国科学院五四红旗团委—化学所团委2006.11.27
- 2006年度中国科学院五四红旗团委称号—自动化所团委2006.11.27
- 2005年度中国科学院五四红旗团委—生物物理所团委2006.05.12