李劲松院士致力于干细胞与胚胎发育研究，首创并优化了类精子干细胞介导的半克隆技术，实现了复杂疾病的快速模拟、小鼠发育中的遗传筛选、染色体改造模型的构建，提出并推动基因组标签计划（GTP），加速了蛋白质在体动态的标准化研究，为生物发育、疾病机理及演化研究带来革命性变化。