国家植物园的水生与藤本植物区始建于1973年，并于1975年至1976年进行挖湖堆山，改造原有地形，最终于1981年建成1800平方米的水池及370平方米的水榭花架。国家植物园的科技人员经过多年努力，已经收集、栽培各类水生和藤本植物200余种（含品种），其中莲花、睡莲有100多个品种，比较引人注目的有1952年出土的千年古莲、象征中日友谊的孙文莲、中日友谊莲，以及从国外引进的王莲和我园培育的芡实新品种。每年的夏天，游客纷至沓来，惊叹于水生植物的美丽，已经成为国家植物园的网红景点。